科研工作是软件学院的一个重要组成部分。目前，软件学院拥有一个国家级工程中心－国家企业信息化应用支撑软件工程技术研究中心作为其科研工作的支撑平台，同时还组建了软件理论与系统、软件工程与管理、信息系统与工程、计算机图形学与辅助设计等四个研究所，分别在信息系统、信息安全与软件工程等领域从事研究工作，并承担了多项八六三计划、国家科技攻关、国际合作等项目。